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飞行学院成立于1993年9月，由北京航空航天大学与中国南方航空股份有限公司联合创办。学院坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，坚定不移贯彻党和国家的教育方针，坚持立德树人根本任务，落实“五育”并举，践行“三全育人”要求，充分利用学校已有教学资源，发挥校企合作办学的优势，集航空航天学科群的整体优势，彰显“空天信”融合特色，以交通运输工程、航空宇航科学与技术为主干学科，以培养学者型飞行员、专家型管理者和创新型领路人为目标，设有飞行技术、交通运输、无人驾驶航空器系统工程三个本科专业。
飞行技术专业为建院初期设置专业，以理论学习与飞行实训相结合为特色，创建了“全周期校企融合、全覆盖国际培养、全方位价值塑造”的民航飞行技术人才培养模式，形成了“理论-实验-实践”校企协同多层次教学体系，为民航打造了一批兼具“航空理论的实践者”、“国际标准的执行者”、“飞行安全的守护者”于一体的拔尖飞行人才。截至2025年3月，学院已为民航业输送了八千余名飞行员，其中两千余名飞行员被聘为责任机长。
无人驾驶航空器系统工程专业成立于2017年，是国内高校首个设立的无人机专业，多学科交叉实现无人机系统设计、运用和管理人才的培养，以无人机系统前沿需求为牵引，以产教融合为特色，培养具有系统思维、创新意识与领军领导潜质的复合型人才，2022年被评为北京市一流本科专业建设点。
